Las recomendaciones relacionadas con biomarcadores en CPCNP suelen cubrir un conjunto de alteraciones que pueden tener implicaciones terapéuticas. Entre las más frecuentemente analizadas figuran mutaciones en EGFR, reordenamientos en ALK y ROS1, alteraciones en BRAF, MET y RET, fusiones NTRK y la expresión de PD-L1. La selección de pruebas puede depender de la disponibilidad local y de la etapa clínica; por ejemplo, en enfermedad metastásica la identificación de una alteración accionable puede orientar terapia dirigida específica.

Los paneles de secuenciación por nueva generación (NGS) se usan con frecuencia para detectar múltiples alteraciones en una sola prueba cuando hay suficiente tejido. La interpretación de resultados requiere soporte genómico y patológico, y las recomendaciones suelen indicar que los resultados se integren con la histología y la carga tumoral. La sensibilidad de distintas técnicas, así como la posible necesidad de repetir biopsias al progresar la enfermedad, se consideran en decisiones clínicas posteriores.
En la práctica clínica, es importante prestar atención a factores preanalíticos que afectan la calidad de las pruebas: tiempo de fijación, porcentaje de células tumorales y condiciones de transporte. Estos aspectos pueden determinar si una muestra es adecuada para NGS o si debe priorizarse una prueba puntual. En escenarios donde no es posible obtener tejido suficiente, la biopsia líquida puede considerarse como herramienta complementaria, reconociendo sus limitaciones en sensibilidad para algunas alteraciones.
Una consideración operativa habitual incluida en las guías es la necesidad de un flujo de trabajo rápido para los resultados moleculares en pacientes con enfermedad avanzada, dado que los hallazgos pueden alterar la terapia inicial. Los equipos clínicos pueden planear pruebas reflexivamente para evitar retrasos; asimismo, la inclusión en ensayos clínicos dirigidos a alteraciones moleculares específicas suele ser una alternativa cuando los tratamientos aprobados no están disponibles localmente.